После того, как была создана вакцина, способная блокировать гены мутации, ее назвали лекарством и собирались применять для всех мутантов, пожелавших избавиться от своих способностей. Но кроме этого, вакцину стали использовать в качестве оружия против мутантов. В это же время Скотт и Логан переживают смерть Джин Грей.
И если Логан еще находит в себе силы держаться, то для Скотта смерть любимой стала настоящим кошмаром. Однажды ему почудилось, что Джин зовет его, после чего он уехал к месту ее гибели. Логан и Шторм по просьбе профессора Ксавьера отправились на его поиски. Но на месте смерти Джин Грей нашли только очки Скотта, а чуть позже и саму бездыханную Джин, чудом выжившую. После того, как профессор осмотрел ее, он рассказал, что еще в далеком детстве заблокировал часть способностей Джин, поскольку она была слишком сильна и могла причинить вред людям.
Из-за этого у девушки началось раздвоение личности. Одна ее часть была спокойна и полностью контролировала свой дар. А вторая, называвшая себя Фениксом, использовала смертоносную силу ради любой своей прихоти. Когда Джин приходит в себя и понимает, что она убила Скотта, Феникс одерживает над ней верх и девушка сбегает в свой старый дом. Там ее одновременно находят Магнето и профессор Ксавьер. Каждый из них пытается перетянуть девушку на свою сторону.
В результате Феникс применяет свою силу и убивает профессора, после чего исчезает вместе с Магнето. Он собирается использовать ее в своей войне с людьми. Зная, что вакцину против мутации делают на основе ДНК ребенка-мутанта, Магнето и его армия собираются уничтожить не только самого ребенка, которого содержат на Алькатрасе, но и всех, кто там находится. Люди Икс не собираются допустить подобного. Несмотря на то, что их совсем мало, Росомаха, Шторм и их подопечные намерены дать отпор Магнето.
Отзывы к фильму Люди Икс: Последняя битва 2006